農(nóng)村宅基地使用權(quán)確權(quán)登記發(fā)證是農(nóng)村土地制度改革的基礎(chǔ)，也是不動產(chǎn)統(tǒng)一登記的重要內(nèi)容。
房地分離增加確權(quán)難度
房屋是農(nóng)民私有財產(chǎn)，享有所有權(quán);而宅基地所有權(quán)屬于集體，農(nóng)民個人僅享有使用權(quán)，且不準(zhǔn)隨意出賣和出租。同時，房屋所有權(quán)原登記部門為房產(chǎn)部門，宅基地審批、確權(quán)和登記則由國土資源部門承擔(dān)。
“一戶一宅”政策難以把握
因為農(nóng)戶界定比較模糊，“戶”的彈性太大，使宅基地確權(quán)遭遇挑戰(zhàn)。本屬于一戶的夫妻之間、父母與子女之間單獨立戶，并按戶口簿分割房產(chǎn)，一個家庭中每人一本戶口簿的現(xiàn)象屢見不鮮。
農(nóng)房私自流轉(zhuǎn)后宅基地難以確權(quán)
盡管政策規(guī)定宅基地使用權(quán)不允許隨意轉(zhuǎn)讓。但目前農(nóng)村特別是城鄉(xiāng)結(jié)合部農(nóng)村房屋私下交易非常普遍，甚至有些轉(zhuǎn)讓給城市人口。這給農(nóng)村宅基地確權(quán)帶來了極大的阻力。
附屬設(shè)施用地難以納入宅基地
現(xiàn)實中，農(nóng)民建好房后，往往會另外建設(shè)廚房、雜屋等附屬建筑。哪些附屬設(shè)施用地應(yīng)該納入宅基地范圍?如何給這些設(shè)施用地確權(quán)登記發(fā)證?在確權(quán)登記過程中難以把握。
農(nóng)村宅基地確權(quán)發(fā)證的問題：
1、宅基地申請確權(quán)需要提供什么資料(需要先走申請流程)
(1)土地登記申請書(國土部門印發(fā)，土地使用權(quán)人填寫并簽章);
(2)申請人身份證明材料(戶主身份證正反面復(fù)印件、戶口本中所有家庭成員復(fù)印件);
(3)土地權(quán)屬來源證明;初始登記提供土地批復(fù)、宅基地審批表，換發(fā)證書提供原土地使用證，涉及轉(zhuǎn)讓(買賣)、繼承(原權(quán)利人死亡)、贈與、置換(互換)，戶主更名、原土地證戶主名稱有誤更正、爭議糾紛已調(diào)處等原因發(fā)生的變更登記以及丟失補證還應(yīng)提供下列土地權(quán)屬來源的證明材料：
(4)地籍調(diào)查表、宗地圖及宗地界址坐標(biāo);
(5)地上附著物權(quán)屬證明;
2、確權(quán)所需地籍調(diào)查費、工本費是否需要農(nóng)民掏錢
為減輕農(nóng)民負(fù)擔(dān)，落實中央支農(nóng)惠農(nóng)政策，保證農(nóng)村宅基地使用權(quán)登記發(fā)證工作的順利進(jìn)行，對登記頒發(fā)農(nóng)村宅基地《集體土地使用證》的地籍調(diào)查費、工本費一律免收。
3、耕地上已建成住宅如何處理
(1)符合土地利用總體規(guī)劃、村莊和集鎮(zhèn)規(guī)劃的，按照法律、法規(guī)規(guī)定的程序，經(jīng)補辦用地批準(zhǔn)手續(xù)后進(jìn)行登記發(fā)證。
(2)不符合土地利用總體規(guī)劃、村莊和集鎮(zhèn)規(guī)劃的零星宅基地，只統(tǒng)計備案，不予登記發(fā)證。
4、超占面積的如何處理
(1)1982年《村鎮(zhèn)建房用地管理條例》實施前，農(nóng)村村民建房占用的宅基地，《村鎮(zhèn)建房用地管理條例》實施后至今未擴(kuò)大用地面積的，可以按現(xiàn)有實際使用面積進(jìn)行登記。
(2)1982年《村鎮(zhèn)建房用地管理條例》實施起至1987年《中華人民共和國土地管理法》實施時止，農(nóng)村村民建房占用的宅基地，超過當(dāng)?shù)匾?guī)定的面積標(biāo)準(zhǔn)的，超過部分按當(dāng)時國家和地方有關(guān)規(guī)定處理后，可以按實際使用面積進(jìn)行登記。
(3)1987年《中華人民共和國土地管理法》實施后，農(nóng)村村民建房占用的宅基地，超過當(dāng)?shù)匾?guī)定的面積標(biāo)準(zhǔn)的，按照實際批準(zhǔn)面積進(jìn)行登記，其面積超過各地規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)的，可在土地登記簿和土地權(quán)利證書記事欄內(nèi)注明超過標(biāo)準(zhǔn)的面積，待以后分戶建房或現(xiàn)有房屋拆遷、改建、翻建、政府依法實施規(guī)劃重新建設(shè)時，按有關(guān)規(guī)定作出處理，并按照自治區(qū)規(guī)定的面積標(biāo)準(zhǔn)重新進(jìn)行登記。
5、實測面積與老宅基證不符如何確權(quán)發(fā)證?
(1)如果實測面積大于或等于原發(fā)證面積時，按原發(fā)證面積確權(quán)登記換發(fā)證書。并在土地證記事欄中注明超占的面積。
(2)如果實測面積小于原發(fā)證面積時，按實測面積確權(quán)登記換發(fā)發(fā)證。
(3)對實測面積與原發(fā)證面積相差較大的宗地要實地查清面積有出入的具體原因，填寫到情況調(diào)查表備注欄里。
(4)對未審批發(fā)證的宗地，嚴(yán)格按照《土地管理條例》規(guī)定的宅基地審批權(quán)限，結(jié)合實測面積批量補報批發(fā)證。
(5)申請書、宗地圖、地籍調(diào)查表中宗地面積按實測面積填寫，地籍調(diào)查表中批準(zhǔn)面積、土地審批表及土地使用證中使用權(quán)面積按審批面積。
6、、閑置的宅基地如何確認(rèn)
對已取得《集體土地使用證》，但已滿二年未建房的宅基地，由集體經(jīng)濟(jì)組織收回土地使用權(quán)，并報市、縣(區(qū))級人民政府批準(zhǔn)，注銷其土地登記。農(nóng)戶再申請宅基地建房時，重新依照審批程序批準(zhǔn)，待房屋建成并實地檢查合格后，按照有關(guān)規(guī)定登記發(fā)證。
7、宅基地轉(zhuǎn)讓的情況如何處理
(1)已經(jīng)發(fā)生轉(zhuǎn)讓且受讓人在本村有戶口的，按照一戶只能擁有一處宅基地的法律規(guī)定，可以進(jìn)行登記發(fā)證。
(2)已經(jīng)發(fā)生轉(zhuǎn)讓但在本村無戶口的，只統(tǒng)計備案，不予登記發(fā)證。
8、權(quán)屬調(diào)查中遇一戶多宅的情況如何處理
需查清其情況是繼承還是其它原因，再判斷其是否可以辦理兩證。舉例：如果戶主已有一處房屋，且還有一處是繼承的房屋，房屋在無改建變動的情況下，除繼承可以為其確權(quán)發(fā)證，其它情況只調(diào)查登記，不確權(quán)發(fā)證。
9、一戶多宅，已經(jīng)擁有兩個宅基地證書的情況下如何處理
(1)調(diào)查其宅基地來源是否合法，且證、地相符者只換發(fā)其中一處(本人選擇)宅基地使用證。如符合繼承、贈與條件，且子女已分獨立戶口且未分配宅基地的，經(jīng)村委會審核同意，可將另一宗宅基地變更登記給子女。
(2)調(diào)查后發(fā)現(xiàn)宅基地來源不合法，且證、地不符者，不予確權(quán)登記，并注銷違規(guī)辦理的土地使用證。
